Die in Frankenthal / Pfalz geborene Sopranistin studierte Gesang, Lied und Oratorium sowie musikdramatische Darstellung an der Universität für Musik und darstellende Kunst in Wien, u.a. bei KS Prof. Walter Berry und KS Elisabeth Schwarzenberg und schloss ihr Diplom mit Auszeichnung ab.
Frauke Schäfer gastierte an der Wiener Kammeroper, der Wiener Volksoper, der Bühne Baden, den Theatern von Klagenfurt, St. Gallen, Erfurt, Bonn, Freiburg, dem Landestheater Linz, der Oper Frankfurt, dem Nationaltheater Mannheim und der Staatsoperette Dresden. Im Festengagement war sie mehrere Jahre dem Theater St. Gallen und der Oper Frankfurt verbunden. Darüber hinaus wurde die Sängerin zu zahlreichen Festivals eingeladen, so von der Oper Klosterneuburg, den Schlossfestspielen Langenlois, den Herbsttagen Blindenmarkt, dem Festival Musik und Theater Saar, dem Musiktheater Schönbrunn, dem Musiktheaterfrühling Kilb, den Luisenburgfestspielen Wunsiedel, den Operettenfestspielen Bad Hall, dem Festival Klangbadhall, der Operette Leuk, der Oper Schloss Hallwyl sowie den Internationalen Classionata Musikfesttagen.
Wichtigste Partien ihres Opernrepertoires sind die Baronin (Der Wildschütz), Gretel (Hänsel und Gretel), Servilia (La clemenza di Tito), Sophie (Werther), Marzelline (Fidelio), Giannetta (L’Elisir d’amore), Gräfin (Die Hochzeit des Figaro), Agathe (Der Freischütz), Marie (Die verkaufte Braut) sowie die Teofane in der mit einem Regiepreis gekrönten Schweizer Erstaufführung der Barockoper von Antonio Lotti.
Ihr Operettenrepertoire umfasst Rollen wie Carlotta (Gasparone), Kondja (Die Rose von Stambul), Julia (Der Vetter aus Dingsda), Helene (Ein Walzertraum), Lisa (Das Land des Lächelns), Clivia, Friederike, Baronin Gondremarck (Pariser Leben), Hanna Glawari (Die lustige Witwe), Rosalinde (Die Fledermaus) , Gräfin Mariza, Fedora (Die Zirkusprinzessin), Helena Zaremba (Polenblut), Elisabeth (Schön ist die Welt), Laura (Der Bettelstudent), Kurfürstin (Der Vogelhändler), Gräfin Gabriele (Wiener Blut), Josepha (Im weißen Rössl) und viele weitere.
Eine rege Konzerttätigkeit im Oratorienbereich vom Barock bis zur Moderne, Liederabende mit den Pianisten Annette Volkamer, Christian Koch und Volker Nemmer, Tourneen sowie Rundfunk- und Fernsehaufnahmen führten die Sängerin nach Österreich, Dänemark, Frankreich, Finnland, Korea, Ungarn und in die Schweiz. Sie konzertierte mit namhaften Orchestern wie der Musica Antiqua Köln, dem Philharmonischen Orchester Erfurt, den Bochumer Symphonikern, der Sinfonietta Baden, der Sinfonietta Schaffhausen, der Kirchenmusik St. Augustin und dem Concilium Musicum Wien.